Farmakonisi a des connexions avec Agathonissi, Arkyi, Leros, Lipsi et Patmos (Îles Du Dodécanèse) et Pythagorio/samos (Îles Égéennes). La liaison maritime tra Farmakonisi e le varie destinazioni n'est temporairement pas disponible par toutes les compagnies de navigation connectées au système de réservation en ligne de la NetFerry.